ポルトガル王室がナポレオン戦争によりヨーロッパから退避しブラジルを直接統治していた1818年に開館した。ブラジルや中南米の歴史的資料を始めとして、エジプトの考古学資料など世界各地の遺産も収蔵していた。しかし、リオ五輪以後は予算も減額され、老朽化が指摘されていた。そのような中で開館200周年を迎えていた2018年9月2日、漏電が原因とみられる火災が発生し、2000万点に及ぶとされる収蔵物と共に博物館は消失した。現在、Wikipediaがネット上における復元プロジェクトを提唱している。