主人公は海上自衛隊最新鋭原子力潜水艦の艦長。ある日演習中に不意の嵐に遭遇し艦と隊員たちは気が付くと見知らぬ海域。そこは魔法と海賊が支配する異世界であった。海賊たちの魔法攻撃も圧倒的火力を誇る現代兵器の前では敵ではなく勝ち進む原子力艦部隊。果たして隊員たちの運命やいかに。